1985年百万大裁军，刘华清再开历史先河：享有副大军区级别权限的三大舰队统一裁撤后勤部，全军没有第二家；海军机关增设第五大部——海军装备修理部，并从上到下组建体系完备的装备维修机构，更是全军独创。改革后的海军指挥体制和后勤装备保障体制均由四级简化为三级。“办成了多少年来想办而没办到的事。”刘华清的欣慰之情溢于言表。

　　从担任海军司令员的第一天起，刘华清就倡导创新、厉行改革。在5年多的任期内，他主导的重大改革超过70项，史称“海军大改革”。

　　“把20世纪末期三个五年规划(1986~2000)海军装备建设连贯起来通盘考虑，实现‘三步并作一步走，15年向前跨一大步’。”这是刘华清制定的海军武器装备发展战略。进入21世纪，他当年主持规划研制的新一代水面舰艇、常规潜艇、核潜艇、海军特种飞机和各型导弹武器，全部装备海军部队，形成作战能力。

　　1983年10月，刘华清率先在全军和全国确立“面向现代化、面向世界、面向未来”的教育指导思想。随后，大连海军舰艇学院的“通科”教学改革，广州海军舰艇学院的“飞行员舰长”培训试验，武汉海军工程学院教学科研“两个基地”的创新发展，屡屡成为军内外教育界的热点话题。于是，人民海军拥有了我军历史上第一代具有大学本科学历的飞行员，第一代具有博士硕士头衔的舰艇长，第一代“上天能驾机、下海能操舰”的复合型海上指挥员。