5月6日，刘华清一声令下，一支由10艘导弹驱逐舰、导弹护卫舰和补给保障船组成的多舰种编队从湛江启航。这是新中国成立38年来，人民海军首次组织大型战斗舰艇编队巡逻南沙。

　　8月7日，由刘华清和国家海洋局局长严宏谟联名签发的《关于在南沙建海洋观测站问题》的报告，直呈国务院、中央军委。报告提出两套建站方案：一是建无人驻守站；二是建有人常驻站。报告力主第二方案：“为了祖国的领土主权，为了子孙后代的利益，我们意见建一个有人站。”

　　11月6日，国务院、中央军委作出《关于在南沙群岛建设海洋观测站的批复》。刘华清当即召开会议部署落实，各项建站准备工作迅速展开。

　　11月21日，中共中央任命刘华清为中央军委副秘书长。尽管离开了海军，但南沙斗争作为涉及国家核心利益的重大军事外交行动，身为军委首长，他深知自己责无旁贷。

　　1988年元旦前后半个月内，刘华清与洪学智副秘书长一起，会同总参、总后和海军主要领导，多次开会研究南沙斗争方案部署。当“把一切可能发生的困难都作了预想、一切应该采取的措施都进行了周密筹划”后，一份因应南沙局势斗争部署的建议书，在刘华清的主导下拟定完稿并获得中央政治局常委会批准。南沙局势的变化与演进，已然在中国最高当局的预料与掌控之中。

　　在此期间，针对越南疯狂阻挠中方建站的挑衅行径，中国海军展开反制行动，相继登占永署礁、华阳礁和南薰礁。3月13日，中国舰艇编队开进九章群礁，登上赤瓜礁。次日，南沙海域响起了枪炮声。