1961年6月，中央军委正式颁令成立舰艇研究院，刘华清被任命为首任院长。然而，居于舰艇研究院“神主牌”地位的核潜艇研制工程，刚刚起步便遭遇下马的厄运。“摊子可以收，战线可以缩，经费可以压，但核心研究机构不能拆，骨干科研人才要保留。”刘华清的意见与建议，终获中央高层认同与批准。

　　1965年1月，刘华清被任命为六机部副部长兼舰艇研究院院长。他履任后主抓的第一项工作，就是重启核潜艇研制工程。中央明令，成立核潜艇工程联合办公室，由刘华清负责领导。

　　1966年8月，刘华清调任国防科委副主任。随后，中央军委决定，核潜艇工程改由国防科委领导，继续由刘华清具体主管。

　　此刻，中华大地已陷入一场人为制造的动乱深渊，全国数以百计的核潜艇工程科研院所和生产厂家陷入全面停滞的混乱局面。刘华清忧心如焚，走出一步险棋：“以中央军委名义，下发‘特别公函’。”

　　在那动乱的岁月里，“特别公函”为核潜艇研制工程保住了一方“政治特区”。刘华清也因此触怒和冒犯了“文革”当红的政治权贵，没过多久便遭撤职罢官，被不明不白地撵回了海军。

　　1969年6月。鉴于国内形势动荡不安，国务院宣布将国防工业各部门交总参、总后、海军、空军及有关兵种管理。海军随即成立造船工业领导小组，刘华清这个“像一件破旧的海魂衫挂在那里没人想收”的“黑线人物”，被“晾”了几个月之后，终于有了一个临时性的职务：海军造船工业领导小组办公室主任。刘华清与核潜艇再次联系起来。